Phòng Vi sinh Y học

01:21 26/03/2021

Giới thiệu

   Khởi đầu nghiên cứu căn nguyên vi khuẩn Burkholderia pseudomallei gây melioidosis (hay còn gọi là bệnh Whitmore) từ năm 2005, nhóm nghiên cứu đã thực hiện điều tra xác định vùng dịch tễ bệnh tại miền Bắc Việt Nam. Đến năm 2014, nhóm nghiên cứu tiếp tục triển khai nhiệm vụ khoa học công nghệ “thiết lập mạng lưới quốc gia về nghiên cứu chẩn đoán và điều trị melioidosis tại Việt Nam” theo dạng nghị định thư với CHLB Đức. Thông qua nhiệm vụ đó, nhóm nghiên cứu đã hướng dẫn kỹ thuật xét nghiệm vi sinh tới hơn 40 bệnh viện trong cả nước; điều tra sự phân bố của vi khuẩn B. pseudomallei ngoài môi trường và thiết lập bản đồ dịch tễ học bệnh Whitmore tại Việt Nam. Nhóm đã phối hợp với các đơn vị nghiên cứu y dược uy tín trong nước tổ chức 2 hội thảo quốc gia về bệnh Whitmore tại Hà Nội (năm 2015) và Huế (năm 2017), đồng thời tổ chức hội thảo bệnh Whitmore toàn cầu lần thứ 9 tại Hà Nội (9th World Melioidosis Congress) năm 2019. Từ những lợi thế nghiên cứu chuyên sâu đó, Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học đã ra quyết định thành lập Phòng Vi sinh Y học (năm 2017). Đến nay, Phòng đã và đang tiếp tục thực hiện nhiều nghiên cứu chuyên sâu về bệnh Whitmore trên các khía cạnh điều tra dịch tễ học phân tử, xét nghiệm chẩn đoán nhanh, và miễn dịch học. Bên cạnh đó, Phòng tiếp cận nhiều kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại về genome và protein nhằm mở rộng hướng điều tra về các căn nguyên mới nổi, tái nổi và các bệnh truyền nhiễm đặc trưng tại Việt Nam.

Chức năng

   Phòng Vi sinh Y học thực hiện chức năng: (i) nghiên cứu vi sinh vật gây bệnh truyền nhiễm nhiệt đới trên người và động vật; (ii) nghiên cứu chế tạo kít chẩn đoán nhanh căn nguyên gây bệnh truyền nhiễm; (iii) thu thập, lưu giữ và tư liệu hóa nguồn gene vi sinh vật gây bệnh tại Việt Nam.

Nhiệm vụ

  • Nghiên cứu sinh thái học và sự phân bố của các căn nguyên gây bệnh đặc trưng (như vi khuẩn Burkholderia pseudomallei) ngoài môi trường tự nhiên Việt Nam.
  • Nghiên cứu dịch tễ học và khoanh vùng dịch tễ (như melioidosis hay còn gọi là bệnh Whitmore) tại Việt Nam.
  • Nghiên cứu tương tác miễn dịch học giữa vi khuẩn Burkholderia spp. và cơ chế đáp ứng bảo vệ của vật chủ.
  • Nghiên cứu các biomarkers (đặc tính kiểu hình, kiểu gene và phổ protein) ứng dụng trong phát triển kỹ thuật xét nghiệm nhanh các căn nguyên gây bệnh truyền nhiễm tại Việt Nam.
  • Điều tra, thu thập và bảo quản nguồn gene vi sinh vật gây bệnh, làm cơ sở xây dựng bộ sưu tầm nguồn gene vi sinh vật y học trong Trung tâm Nguồn gen Vi sinh vật Quốc gia.
  • Xây dựng bộ vi sinh vật gây bệnh tham chiếu chuẩn quốc gia phục vụ cho các mục đích kiểm định.
  • Nghiên cứu tính kháng kháng sinh/kháng chất bảo vệ thực vật của các vi sinh vật gây bệnh nhằm định hướng phòng và điều trị bệnh.
  • Thực hiện các xét nghiệm định tính và định lượng vi sinh vật gây bệnh trong các mẫu sinh học, thực phẩm và môi trường.

Thành viên

  • NCS. Trần Thị Lệ Quyên (Phụ trách phòng)
  • Email: quyenttl@vnu.edu.vn
  • TS. Trịnh Thành Trung
  • Email: tttrung@vnu.edu.vn
  • ThS. Bùi Nguyễn Hải Linh
  • Email: linkdau1162@gmail.com
  • ThS. Nguyễn Hữu Tuấn Dũng
  • Email: dungnht@vnu.edu.vn
  • KS. Nguyễn Việt Hà
  • Email: ha.nguyenviet@vnu.edu.vn

Các nhiệm vụ khoa học nổi bật

  • Thiết lập hệ thống mạng lưới Quốc gia về nghiên cứu chẩn đoán và điều trị bệnh melioidosis; 2014-2018; Đề tài Nghị định thư Việt Nam – CHLB Đức; Bộ Khoa học Công nghệ; Chủ nhiệm TS. Trịnh Thành Trung.
  • Nghiên cứu hoạt tính kháng khuẩn Burkholderia pseudomallei từ các loại trà, thảo dược và thực phẩm nhằm định hướng hỗ trợ điều trị melioidosis 1/2019 – 12/2020; Đề tài cấp Đại học Quốc gia Hà Nội; Chủ nhiệm TS. Trịnh Thành Trung.
  • Nghiên cứu điều tra nguồn lây nhiễm, quá trình phơi nhiễm, phát bệnh Whitmore (melioidosis) và gây tử vong 3 trẻ trong 1 gia đình tại Bắc Sơn – Sóc Sơn – Hà Nội nhằm đề xuất phương pháp cảnh báo, dự phòng, tránh phát sinh và lây lan nguồn bệnh (2021-2023). Cấp ĐHQGHN.
  • Nghiên cứu các yếu tố nguy cơ, đáp ứng miễn dịch và đặc điểm di truyền của Burkholderia pseudomalleiBurkholderia thailandensis tại Việt Nam (2020-2024). Cấp Nhà nước.
  • Nghiên cứu khai thác nguồn gene vi khuẩn Burkholderia pseudomallei và đánh giá đặc tính sinh học nhằm nâng cao hiệu quả chẩn đoán, dự phòng và điều trị (2018-2020). Cấp Nhà nước.

Các công bố khoa học nổi bật

  • Bài báo quốc tế:
  1. Lichtenegger, S., T. T. Trinh, K. Assig, K. Prior, D. Harmsen, J. Pesl, A. Zauner, M. Lipp, T. A. Que, B. Mutsam, B. Kleinhappl, I. Steinmetz and G. E. Wagner (2021) Development and Validation of a Burkholderia pseudomallei Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme To Facilitate Molecular Surveillance.” J Clin Microbiol 59(8): e0009321. (Q1)
  2. Tran, T. L. Q., H. Anani, H. T. Trinh, T. P. T. Pham, V. K. Dang, V. M. Ho, N. H. L. Bui, N. H. Nguyen, D. Raoult, T. T. Trinh and P. E. Fournier (2020). “Chitinophaga vietnamensis sp. nov., a multi-drug resistant bacterium infecting humans.” Int J Syst Evol Microbiol 70(3): 1758-1768. (Q1)
  3. Norris, M. H., H. T. T. Tran, M. A. Walker, A. P. Bluhm, D. Zincke, T. T. Trung, N. V. Thi, N. P. Thi, H. P. Schweizer, F. Unger, J. K. Blackburn and N. T. T. Hang (2020). “Distribution of Serological Response to Burkholderia pseudomallei in Swine from Three Provinces of Vietnam.” Int J Environ Res Public Health 17(14). (Q2)
  4. T. Trinh, K. Assig, Q. T. L. Tran, A. Goehler, L. N. H. Bui, C. Wiede, B. Folli, S. Lichtenegger, T. T. Nguyen, G. E. Wagner, C. Kohler and I. Steinmetz (2019) Erythritol as a Single Carbon Source Improves Cultural Isolation of Burkholderia pseudomallei from Rice Paddy Soils. PLoS Negl Trop Dis 13(10): e0007821. (Q1)
  5. T. Trinh, S. T. Hoang, A. D. Nguyen, T. V. Trinh, A. Gohler, T. T. Nguyen, N. S. Hoang, R. Krumpkamp, T. N. L. Nguyen, J. May, M. P. Doan, D. C. Do, A. T. Que and I. Steinmetz (2018) A Simple Laboratory Algorithm for Diagnosis of Melioidosis in Resource-Constrained Areas: A Study from North-Central Vietnam. Clin Microbiol Infect. 24(1): 84.e1-84.e4 (Q1)
  6. T. Trinh, L. D. N. Nguyen,T. V. Nguyen, C. X. Tran, A. V. Le, H. V. Nguyen, K. Assig, S. Lichtenegger, G. E. Wagner, C. D. Do, and I. Steinmetz (2018) Melioidosis in Vietnam: Recently Improved Recognition but still an Uncertain Disease Burden after Almost a Century of Reporting. Trop Med Infect Dis.3(2): 39 (Q1)
  7. Göhler A., Trinh T. T., Hopf V., Kohler C., Hartleib J., Wuthiekanun V., Peacock S.J., Limmathurotsakul D., Tuanyok A., and Steinmetz I. (2017) Quantitative detection of Burkholderia pseudomallei in soil samples using multiple gene targets in real-time PCR. Appl Envirol Microbiol. 83(8): e03212-16 (Q1)
  8. Trung, T. T., A. Hetzer, A. Gohler, E. Topfstedt, V. Wuthiekanun, D. Limmathurotsakul, S. J. Peacock and I. Steinmetz (2011). “Highly sensitive direct detection and quantification of Burkholderia pseudomallei bacteria in environmental soil samples by using real-time PCR.” Appl Environ Microbiol 77(18): 6486-6494. (Q1)
  9. Trung, T. T., A. Hetzer, E. Topfstedt, A. Gohler, D. Limmathurotsakul, V. Wuthiekanun, S. J. Peacock and I. Steinmetz (2011). “Improved culture-based detection and quantification of Burkholderia pseudomallei from soil.” Trans R Soc Trop Med Hyg 105(6): 346-351 (Q2)
  10. Phuong, D. M., T. T. Trung, K. Breitbach, N. Q. Tuan, U. Nubel, G. Flunker, D. D. Khang, N. X. Quang and I. Steinmetz (2008). “Clinical and microbiological features of melioidosis in northern Vietnam.” Trans R Soc Trop Med Hyg 102 Suppl 1: S30-36. (Q2)
  • Bài báo trong nước:
  1. So sánh các kỹ thuật định danh vi khuẩn pseudomallei trong xét nghiệm chẩn đoán bệnh Whitmore – Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam (2020) 62(5): 6-12.
  2. Đánh giá kháng nguyên tái tổ hợp hemolysin co-regulated protein 1 (hcp1) trong chẩn đoán nhanh bệnh nhân nhiễm melioidosis (bệnh Whitmore) bằng kỹ thuật ELISA – Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam (2020) 62(9): 26-31.
  3. Nguyễn Thị Thu Hằng, Trần Thị Thu Hằng, Trịnh Thành Trung, Nguyễn Viết Không (2018). Bước đầu điều tra Melioidosis do vi khuẩn Burkhoderia pseudomalleiở lợn tại tỉnh Nghệ An. Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú y Tập XXV. Số 1-2018: 55-58
  4. Bệnh Whitmore: hiểu đúng để phòng và điều trị hiệu quả. Trịnh Thành Trung. Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam, số 1 +2 năm 2020 (730 +731) 106-018.
  • Báo cáo hội nghị khoa học:
  1. Pham Thai Son, Elisabeth Ullrich, Bui The Trung, Tran Thi Le Quyen, Nguyen Tran Nam, Do Viet Cuong, Bui Nguyen Hai Linh, Ivo Steinmetz, and Trinh Thanh Trung (2019), Characteristics of recently detected paediatric melioidosis in Southern Vietnam. 9thWorld Melioidosis Congress, 39, 15-18 October 2019, Hanoi, Vietnam.
  2. Do Quoc Tuan, Gabriel. E. Wagner, Tran Thi Le Quyen, Bui Nguyen Hai Linh, Ivo Steinmetz, and Trinh Thanh Trung (2019), Suspected melioidosis in northern Vietnam turned out to be a case of human glanders. 9thWorld Melioidosis Congress110, 15-18 October 2019, Hanoi, Vietnam.
  3. Nguyen Thu Hang, Tran Thi Thu Hang, Trinh Thanh Trung (2019), Initial investigation of Burkholderia pseudomalleiin pigs in Nghe An province, Vietnam in 2016 anh 2017. 9th World Melioidosis Congress, 116, 15-18 October 2019, Hanoi, Vietnam.
  4. Trinh Thanh Trung, Que Anh Tram, Hoang Quan Trung, Nguyen Thi Toan, Dao Thanh Huyen, Mai Van Tuan, Bui Nguyen Hai Linh, Michael H. Norris, Jasson K. Blackburn (2019), Spatial pattern of confirmed Burkholderia pseudomallei cases in North Central Vietnam, 2015-2017. 9thWorld Melioidosis Congress, 136, 15-18 October 2019, Hanoi, Vietnam.
  5. Sabine Lichtenegger, Trinh Thanh Trung, Gabriel E. Wagner, Tran Thi Le Quyen, Que Anh Tram, Nguyen Quan Huy, Karoline Asig, Andrea Zauner, Bui Nguyen Hai Linh, Tran Anh Dao, Do Duy Cuong and Ivo Steinmets (2019), Core genome MLST reveals the source of a recent cluster of melioidosis in Vietnam. 9thWorld Melioidosis Congress, 138, 15-18 October 2019, Hanoi, Vietnam.

Sản phẩm & Dịch vụ

  • Sản phẩm định hướng
  1. Phát triển kít phát hiện nhanh vi khuẩn Burkholderia pseudomallei và các vi sinh vật gây bệnh khác trong mẫu nghiên cứu.
  2. Phát triển kít chẩn đoán nhanh melioidosis và các bệnh truyền nhiễm khác.
  3. Phát triển các sản phẩm xét nghiệm vi sinh gây bệnh bằng kỹ thuật nuôi cấy vi sinh.
  • Dịch vụ
  1. Phân tích mẫu nghi ngờ nhiễm vi khuẩn Burkholderia pseudomallei Burkholderia spp. khác.
  2. Phân tích mẫu nghi ngờ nhiễm vi khuẩn gây bệnh khác như Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Salmonella spp., Escherichia coli, Vibrio spp., v.v…
  3. Phân tích khả năng đối kháng với vi sinh vật gây bệnh.
  4. Triển khai lớp đào tạo về thu mẫu, nuôi cấy, phân lập và định danh vi khuẩn Burkholderia pseudomallei và các vi khuẩn khác.

Một số hình ảnh hoạt động


Lấy mẫu ngoài thực địa cùng với các chuyên gia quốc tế


Điều tra lấy mẫu bệnh phẩm các loại động vật thủy sản nhiễm bệnh tại hiện trường


Trao đổi thông tin giữa kết quả nuôi cấy xét nghiệm vi sinh và diễn tiến lâm sàng cùng bác sỹ tại Bệnh viện Đa khoa tỉnh Nghệ An


Thăm và trao đổi phương pháp xét nghiệm vi sinh tại khoa Vi sinh Y học, Bệnh viện Đa khoa tỉnh Hà Tĩnh


Tổ chức hội thảo Quốc gia về bệnh Whitmore lần thứ nhất (Hà Nội, 2015)


Tổ chức hội thảo Quốc gia về bệnh Whitmore lần thứ hai (Huế, 2017)


Tổ chức workshop về phương pháp xét nghiệm bệnh Whitmore


Tổ chức hội thảo bệnh Whitmore toàn cầu lần thứ 9 (9th World Melioidosis Congress, Hà Nội, 2019)