Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học được thành lập theo Quyết định số 661/QĐ-TTg ngày 24/5/2007 của Thủ tướng Chính phủ, là đơn vị nghiên cứu khoa học và công nghệ (KH&CN) thành viên thuộc Đại học Quốc gia Hà Nội (ĐHQGHN), hoạt động theo cơ chế tổ chức KH&CN nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu chiến lược, chính sách phục vụ quản lý Nhà nước theo Quyết định số 1876/QĐ-ĐHQGHN ngày 03/6/2013 của Giám đốc ĐHQGHN, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.

Viện hoạt động theo quy định của pháp luật có liên quan, Quy chế Tổ chức và hoạt động của Đại học quốc gia và các cơ sở giáo dục đại học thành viên ban hành kèm theo Quyết định số 26/2014/QĐ-TTg ngày 26/3/2014 của Thủ tướng Chính phủ, Quy định về Tổ chức và hoạt động của các đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc ĐHQGHN ban hành kèm theo Quyết định số 3568/QĐ-ĐHQGHN ngày 08/10/2014 của Giám đốc ĐHQGHN và Quy định này.