Bên cạnh việc triển khai các đề tài nghiên cứu cơ bản thuộc các chương trình khoa học công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước, Viện Vi sinh vật và Công nghệ Sinh học đã hoàn thành một số dự án đầu tư sản xuất thử nghiệm ở qui mô pilot và quy mô bán công nghiệp, tạo ra nhiều sản phẩm khoa học công nghệ có khả năng chuyển giao cho các doanh nghiệp và có khả năng thương mại hóa trên thị trường. Các sản phẩm tập trung phục vụ các nhu cầu thiết yếu trong các lĩnh vực y dược học, thực phẩm chức năng, chăn nuôi – nuôi trồng – trồng trọt và xử lý ô nhiễm môi trường. Sản phẩm tiêu biểu bao gồm:

• Hỗn hợp bào tử lợi khuẩn Bacillus subtilis (dạng dịch & dạng bột)
• Hỗn hợp bào tử lợi khuẩn Bacillus clausii (dạng dịch & dạng bột)
• Hỗn hợp bào tử lợi khuẩn Bacillus coagulans (dạng dịch & dạng bột)
• Hỗn hợp bào tử lợi khuẩn Bacillus licheniformis (dạng bột)
• Hỗn hợp lợi khuẩn Lactobacillus acidophilus (dạng bột)
• Hỗn hợp lợi khuẩn Bifidobacterium (dạng bột)
• Probiotics & enzyme bổ sung trong thức ăn chăn nuôi (dạng bột)
• Men xử lý rác thải hữu cơ thành phân bón vi sinh (dạng bột)
• Chế phẩm xử lý ô nhiễm môi trường ao nuôi trồng thủy sản (dạng dịch & dạng bột)
• Chế phẩm vi sinh phòng trừ bệnh cây trồng (dạng bột)