Bảo tàng giống chuẩn vi sinh vật Việt Nam (VTCC)
Phòng Enzym và Protein
Nghiên cứu khoa học công nghệ (khoa học về công nghệ enzym, protein và các lĩnh vực liên quan, tạo các sản phẩm khoa học công nghệ
Phòng Công nghệ nấm và các chất có hoạt tính sinh học
Phòng Công nghệ giống gốc Nấm (tiền thân là Trung tâm nghiên cứu Nấm ăn - Đại học Tổng hợp, Hà Nội, thành lập năm 1984)
Phòng sinh hoc tảo
Phòng Sinh học tảo : Nghiên cứu đa dạng tảo, nghiên cứu các đối tượng tảo có giá trị cho xử lý ô nhiễm môi trường và nuôi trồng thuỷ sản và một số hoạt chất sinh học quý và khả năng ứng dụng từ tảo
Phòng nghiên cứu phát triển công nghệ cao
Nghiên cứu và phát triển công nghệ và chế phẩm vi sinh vật phục vụ trong nông ngư nghiệp, dược phẩm, công nghiệp thực phẩm và bảo vệ môi trường
Phòng Sinh thái vi sinh vật
Phòng STVSV được thành lập năm 2008, thực hiện các nghiên cứu về đa dạng và phân bố của vi sinh vật tại các môi trường sinh thái khác nhau
Phòng Công nghệ lên men và phát triển sinh phẩm
Nghiên cứu tối ưu các quá trình lên men vi sinh vật. Nghiên cứu các quá trình thu nhận và phát triển sản phẩm. Đào tạo cán bộ, tư vấn kỹ thuật về công nghệ lên men. Tư vấn, thiết kế, lắp đặt dây chuyền lên men vi sinh vật, thu sản phẩm từ quy mô phòng thí nghiệm đến quy mô công nghiệp.